Родился будущий отец Николай 1 сентября 1876 года (по ст. ст.) в семье потомственного священника Владимира Яковлевича Агафонникова и супруги его Марии Андреевны, происходившей также из духовного сословия. В их доме царили мир и покой. Они вели примерную семейную жизнь, оба отличались добропорядочностью, трудолюбием, долготерпением, отзывчивостью ко всему живому, старались воспитать эти качества и в своем сыне. Мать Коли обладала редкой добротой, глубокой набожностью и старалась с детства приучить его к искренней молитве, приводя в пример слова Иоанна Златоуста о том, что душа без молитвенного обращения к Богу мертва.
Он рано понял, что «…речь к Богу не языком произносится, а чувствами сердца» (Феофан Затворник), и молитва стала для него первым и главным делом жизни. С самого раннего детства Коля приобщился к церковной жизни при храме в своём родном селе Лекма Слободского уезда Вятской губернии. В своих воспоминаниях о. Николай пишет: «…Лет с шести я с матерью ходил на клирос и пел с нею, а с семи лет уже читал часы и даже Шестопсалмие…». В это же время он так серьезно и ответственно несет послушание пономаря, что прихожане удивлены смышлёности мальчика, усердию и аккуратности в исполнении своих обязанностей, внимательности, с какой помогает при богослужении.
В начальной школе учиться мальчику было интересно и легко. В 1887 году, по ее окончании, Коля Агафонников поступает в Вятское Духовное училище, показав отличное знание церковно-славянского языка. Как и в школе, он отличается серьезным отношением к занятиям и примерным благонравием.
В 1898 году Николай зачислен воспитанником Вятской Духовной Семинарии и одновременно становится псаломщиком Никольского Собора города Слободской Вятской губернии. Пребывая в этой должности, помимо своих прямых обязанностей, Николай читает много духовной литературы, в особенности труды святых отцов и известных подвижников, лелея мечту посвятить себя духовным подвигам на ниве пастырства, стать искренним, участливым исповедником, со всей сердечностью нести Свет людям.
В возрасте 23 лет Николай Владимирович Агафонников женится на Нине Васильевне, урождённой Фёдоровой, и в том же 1899 году преосвященным епископом Вятским Алексием (Опоцким) рукополагается в сан священника.
Первый приход о. Николая находился в с. Загорье Вятской губернии. Приняв на себя высокий подвиг служения Церкви Божией в чине священника, в своей пастырской деятельности он руководствовался исключительно законом любви, залечивая сердечные раны людей, облегчая их горе участием, советом, хлопотами, радуясь вместе с ними их удачам. Языком сердца, доступным для каждого, разъяснял Священное писание, как мог, старался передать всю глубину Божественного учения, учил жить по заповедям Христовым, находя самое нужное, простое и искреннее слово. Несмотря на сан, возраст прихожан и социальный статус, ко всем относился с неподдельным вниманием и заботой, и люди проникались к нему большим доверием. Он прослужил здесь приходским священником 17 лет, исполняя свою работу с примерным благодушием и величайшей кротостью. Любимый и уважаемый пастырь не только поучал и наставлял в Православной вере своих прихожан, занимался нравственным воспитанием молодежи, утверждением православных и христианских установлений, но давал советы по житейским вопросам, помогал преодолевать трудности в смутные предреволюционные годы, когда народ так нуждался в истинных радетелях и утешителях. Он помогал в приобретении предметов первой необходимости, лечил прихожан, покупая для них лекарства. Со всей полнотой любящего сердца он жил со своими пасомыми, отечески заботясь об их благе и спасении.
В 1917 году новое правительство постановило отделить Церковь от государства. И великие Таинства стали совершаться скрытно: за Крещение или Венчание люди подвергались не только словесному осуждению, – их увольняли с работы, они становились объектом репрессий. К 1919 году окончательно укрепившиеся во власти большевики сразу развернули охоту на священнослужителей. Под маской обличения «тунеядцев» и «обманщиков» народа новая власть развязала себе руки для открытого террора и по отношению к христианам. Это время стало началом беспрецедентных гонений на Церковь.
Смутные времена застали семью о. Николая в г. Вятке. Как истинный патриот, он не покинул свой приход, несмотря на претерпеваемые бедствия, делал духовное дело, дело всей жизни, выдерживая натиск революции. В нем пылал дар Духа, помогающий вынести гораздо больше, чем может вытерпеть человек.
Ревностные строители новой жизни считали, что денежные пожертвования и другие церковные доходы – от совершения богослужений и треб, составляют огромные накопления, и священники их где-то прячут. Начались ночные обыски. Под видом помощи голодающим большевики искали у о. Николая золото и драгоценности. Какие несметные богатства могла скрывать семья приходского священника, состоящая из 10 человек, где работал только глава семьи? И работал не для получения каких-то материальных ценностей.
Позднее, когда стало ясно, что духовенство в России, как и большая часть населения, еле-еле сводит концы с концами, большевики приступили к необоснованным уголовным преследованиям православных. В феврале 1923 года отец Николай был арестован в г. Вятке и препровождён в Москву на Лубянку по подозрению в контрреволюционной деятельности. Просидев в Лубянской тюрьме до июля, он был отпущен за отсутствием улик.
Несмотря на все сложности и опасности священнического служения при советской власти, о. Николай не оставил своего креста – не отказался от сана, не перешёл во вскормленную властью обновленческую церковь, сулившую чины, спокойствие и льготы. Перестрадавший, прошедший подвалы Лубянки, он по-прежнему на своем посту – исполняет лежащие на нем обязанности добросовестно и усердно, еще и еще раз являя высокие личные качества. Перебравшись в 1927 году поближе к своим взрослым детям в Подольский район Московской области, он служит сначала в селе Ворсино, а позже, с 1930 года, является настоятелем Покровского храма села Ерино и благочинным Подольского округа.
И здесь, на новом месте, он со всей задушевностью и терпением закладывает понятия добра, внутренней свободы и истинной любви, ведет за собой по ступеням нравственного восхождения своих «овец», подобно пастуху, исполненному мудрости и духовного опыта. На посту благочинного ревностно следит за соблюдением церковных правил, отстаивает права Церкви, заступается за священников, чьи приходы курирует.
Где бы ни служил отец Николай, везде его любили. Он внушал уважение своей участливостью, духовной стойкостью, высокой нравственностью и бесстрашием. Общаясь с прихожанами не только во время богослужений, но и во внебогослужебное время, он всегда оставался открытым и доступным. Именно эта способность с любовью и состраданием относиться к людям, искренне и доверительно беседовать с ними послужила поводом к его аресту 16 октября 1937 года.
В октябре – ноябре 1937 года по инициативе Подольского районного отделения УНКВД по Московской области начались массовые аресты «антисоветского и контрреволюционного элемента» в Подольске и Подольском районе. В первую очередь в круг арестованных попали духовенство и активные верующие. Конечно, это не могло не коснуться Подольского благочинного, митрофорного протоиерея, имевшего большой авторитет среди священников и прихожан.
Из материалов «Следственного Дела № 4320 на служителя культа Агафонникова Николая Владимировича» видно, что показания против него дают люди, пользовавшиеся его гостеприимством и вниманием. Вот некоторые характерные примеры.
Из показаний «свидетеля», который, по его собственному признанию, «в феврале месяце… зашёл в сторожку [при церкви] погреться»: «Агафонников, … высказывая мне свои контрреволюционные убеждения о жизни при Сов. власти говорил следующее: «Ну, как? Всё также живёшь-маешься при Сов. власти, до чего дожили – ничего нет: ни хлеба, ни денег».
А вот показания ещё одного «свидетеля», так вспоминавшего о знакомстве с о. Николаем: «Когда я после службы зашёл отдохнуть в сторожку, то Агафонников пригласил меня пить чай, с этого началось знакомство», и далее на вопрос о контрреволюционной деятельности «свидетель» отвечает, что «гр. Агафонников неоднократно высказывал свои к/р убеждения среди верующих и заявлял: «Жизнь сейчас при Сов. власти очень тяжела, приходится себе отказывать во всём, даже в питании. Раньше гораздо лучше всем жилось, материально всем были обеспечены, а теперь приходится всем голодать».
Из протокола допроса о. Николая видно, что он отвечал на вопросы следователя кратко, без конкретных фамилий. Например, на вопрос: «С кем вы имеете общение из служителей культа в Подольском районе?», он ответил: «Как благочинный, имею общение по службе со всеми священниками по Подольскому району, близких же отношений я ни с кем не имел». (Из протокола допроса). О. Николай знал: даже простое упоминание имени человека в стенах НКВД могло трагически отразиться на его судьбе.
По обвинительному заключению, подготовленному мл. лейтенантом госбезопасности Макровым и лейтенантом госбезопасности Честновым, утверждённому начальником IV отдела УГБ УНКВД МО капитаном госбезопасности Персицем, 3 ноября 1937 года заседанием тройки при Управлении НКВД СССР по МО Агафонникову Николаю Владимировичу по обвинению в контрреволюционной деятельности назначена высшая мера наказания – расстрел.
В то время «вердикт» выносился скоро. Расследование не проводилось, в суть дела никто особенно не вникал: нужно было освобождать камеры – места для новых жертв «красного террора».
5 ноября 1937 года приговор приведён в исполнение: на Бутовском полигоне отец Николай был расстрелян, подобно тысячам новомучеников и исповедников Русской Православной Церкви.
Крепость Духа, дарованная свыше, усовершенствованная в ходе всей жизни, позволила ему не сломаться и достойно вынести все испытания, выпавшие на его долю. Патриот своей Родины, он всю жизнь боролся за чистоту Православия, преданно служил русской Православной Церкви. Он обрел вечный покой, явив пример мужества и долготерпения, как и его коллеги по служению, замученные в те годы по тюрьмам и лагерям. Обретя мученический венец, отец Николай причислен к новомученикам и исповедникам российским, молящимся перед Престолом Божиим о спасении нас, грешных.
Николай Агафонников полностью реабилитирован Прокуратурой Московской области 21 февраля 1994 года. День памяти священномученика Николая Агафонникова совершается в день его мученической кончины 5 ноября и в день Соборной памяти новомучеников и исповедников Российских – 25 января (7 февраля), если этот день совпадает с воскресным днем; если же он приходится на будни, то в ближайшее воскресенье после этой даты.